表格字段
这些字段适合比较同一序列内部或不同编码序列之间的密码子使用情况。
| 字段 | 含义 |
|---|---|
| 次数 | 该密码子的出现次数 |
| 频率 | 占所有计入密码子的比例 |
| 每千密码子 | 按每 1,000 个密码子归一化后的使用量 |
密码子使用频率计算器
粘贴编码序列，直接得到密码子频率、每千密码子使用量、氨基酸计数和 GC3。
结果
ATG
使用最多的密码子
频率: 13.64%
次数: 3 · 氨基酸: Met
密码子总数: 22
GC3: 59.09%
示例
序列长度
66 bp
密码子总数
22
氨基酸种类
12
密码子使用表
| 密码子 | 氨基酸 | 次数 | 频率 | 每千密码子 |
|---|---|---|---|---|
| ATG | Met | 3 | 13.64% | 136.4 |
| GCC | Ala | 3 | 13.64% | 136.4 |
| GCT | Ala | 3 | 13.64% | 136.4 |
| GGG | Gly | 2 | 9.09% | 90.9 |
| AAA | Lys | 1 | 4.55% | 45.5 |
| ACT | Thr | 1 | 4.55% | 45.5 |
| CCC | Pro | 1 | 4.55% | 45.5 |
| CTG | Leu | 1 | 4.55% | 45.5 |
| GAA | Glu | 1 | 4.55% | 45.5 |
| GAC | Asp | 1 | 4.55% | 45.5 |
| GAT | Asp | 1 | 4.55% | 45.5 |
| TAA | Stop | 1 | 4.55% | 45.5 |
| TAC | Tyr | 1 | 4.55% | 45.5 |
| TAG | Stop | 1 | 4.55% | 45.5 |
| TTT | Phe | 1 | 4.55% | 45.5 |
氨基酸计数
| 氨基酸 | 次数 | 频率 |
|---|---|---|
| Ala | 6 | 27.27% |
| Met | 3 | 13.64% |
| Asp | 2 | 9.09% |
| Gly | 2 | 9.09% |
| Stop | 2 | 9.09% |
| Glu | 1 | 4.55% |
| Leu | 1 | 4.55% |
| Lys | 1 | 4.55% |
| Phe | 1 | 4.55% |
| Pro | 1 | 4.55% |
| Thr | 1 | 4.55% |
| Tyr | 1 | 4.55% |
公式
Frequency = codon count / total codons; per thousand = frequency x 1000计算器按所选 reading frame 读取完整密码子。终止密码子可以选择计入或排除。
| Symbol | Variable | Description |
|---|---|---|
| Codon count | 次数 | 某个密码子在所选阅读框中出现的次数。 |
| Total codons | 总数 | 应用阅读框和终止密码子设置后计入的完整密码子数量。 |
| GC3 | 第三位 GC | 以 G 或 C 结尾的密码子比例。 |
如何使用
- 1
粘贴编码序列
空格、换行、FASTA 标题和非 DNA 字符会被忽略；U 会按 T 处理。
- 2
选择阅读框
大多数从第一个碱基开始的 CDS 使用 frame 1。
- 3
查看使用频率表
密码子表显示次数、百分比频率和每千密码子使用量。